Команда cat от рута
 

Периодически система запускает команду от root - cat /var/lib/mysql/base/*
все таблицы вобщем. Для чего это делается? Хочу это отключить, потому что диск грузит эта процедура сильно.

я бы в первую очередь задумался откуда она взялась. у меня мыслей на этот счет нету. cat выводит указанное в стандартный вывод (если не задано перенапрвление). зачем у вас это делается - лично мне не понятно. отключайте.