А если попробовать на другом компе скопировать эти папки на "левый" винт,и если все скопилось справно-пристрелить исходники, провести проверку-дефрагментацию(только не через CHKdisk, средствами левой винды) и вернуть все взад????
Если папка одна-думаю хлопот это не составит
Есть мысль о локуальной проблеме чтения ФС