OnThink

на сколько я знаю, ElGamal тоже скомпрометирован и уже давно не используется, хотя в моей 6.5.8скт он поддерживается.
А кейлогеры и остальные трояны - это уже не вопрос шифрования, а вопрос безопасности вообще.
В девятке имхо правильно реализована защита файлов ключей, но то что она работает как прокси меня совершенно не устраивает (не на столько я помешан на безопасности, чтобы левые прокси на соединения ставить) и удалённое хранение ключей до сих пор реализовано через всем известное место. Не получается нормально носить с собой ключи на обычной флэшке без левого кэширования и с быстрым доступом.
PS
Да и вообще шифрование с неизменяемым ключом уже давно считается не достаточно стойким к атакам (во всяком случае в российском законодательстве о цифровой подписи предусмотрен механизм одноразовых ключей), поэтому не вижу смысла усугублять сложность сопутствующих механизмов.