Ну раз винда установленная имеется, то
Partition Magic тебе в помощь смотри тут
http://www.imho.ws/showthread.php?p=1047134#post1047134 а уж если и это не поможет, тогда надо будет более детально разбираться. Просто стандартная виндовая форматилка не всегда нормально работает, у меня что-то подобное случалось, Partition Magic помог. Хотя есть и другие проги из такой же серии.