Посмотри, есть ли в корне файл index.html, если есть, то удали. (Забэкапь на всякий случай).
При этом если нету index.php, то восстанови его из дистрибутива.
Кстати. Эти 'хаккиры' продефейсили не один сайт, использующий RUNCMS.
Так что дыра в нем, либо обновляй/ищи патчи, либо меняй систему, на другую.
Вот лечилово.
http://www.ruscms.ru/forum/showthread.php?p=35732