[Naked]

boor:
То есть на разных машинах этот софт по разному настроен.
И поэтому при каждом сохранении файла он переписывает кодировку.

так а нельзя кодировку-то при сохранении указать, вроде такой мощный инструмент, а такой мелочи нет???