big_nab
Если план счетов изменен вручную сильно, то это может привести к достаточно большой потере информации. Но это тебе бухгалтер потом расскажет

Если ты руками перебьешь все изменения, то разницы не будет никакой (один результат, достигнутый двумя путями - ручным и автоматическим). Нужно найти именно проблемный счет и тогда принять решение, что с ним сделать.
Так что в процессе перебивая вручную плана счетов ты время от времени сохраняй конфу и жди затыка. Потом сообщай, решим