Что-то вопрос какой-то не полный
Ты хоть более детально расскажи, что хочешь.
Литературу (алгоритмы, теория и т.д.) или ссылки не конкретные программы.
Если шифрование файлов интересует, то я пользуюсь truecrypt, для шифрования важных файлов. Программа динамично развивается, да ещё и бесплатная.