[AndreyN]

В папке %windir% в результате winupdate появляются скрытые папочки типа "$NtUninstallKB834707$, $NtUninstallKB867282$, $NtUninstallKB873333$" в них как раз и хранятся измененные соответсвующим обновлением файлы. Т.е. из этой папки будет происходить восстановление первоначальной конфигурации при деинсталляции обновления. Начинаешь с последней и смотришь какие файлы изменены и сохраняешь их для последующего восстановления. А может стоит отключить автоматическое обновление и обновлять систему ночью и при отключенной shadowuser, например, когда юзвери спят и ничего не меняют в профилях.