Как вариант - восстановление системы. Загружаетесь с диска и выбираете восстановить (не автоматическое!!). Будет обычная установка, только сохранятся все настройки и установленные программы.
Вообще, если ставите на диск С, то каким боком должны мешать файлы, установленные на другой физический диск?
