Рейн, никакая конфа тебя не спасет. Тебе нужен грамотный постановщик учета.
Сейчас твой вопрос выглядит так: "У меня на фирме бардак с отгрузкой товара, какая конфа мне нужна чтобы учитывать бардак?".
Сканеры на складе тебя тоже не спасут, все равно будут ошибки случайные и специальные, последнее уже чистоплотность твоего зав.складом. Кроме того, отгрузка у тебя идет оптовая и со склада, т.е. не через стол, нужен не сканер, а терминал сбора данных, или радиосканер. Последний стоит в разы дороже чем обычный и крайне неудобен в работе. Проверено на себе, валяются 3 метролоджика.
И еще открузка через тот же терминал будет занимать гораздо большее время, например, чтобы отсканировать одну единицу товара нужно порядка 1-2 секунды, вот и прикидывай сколько надо времени чтоб отсканить одну палету с твоим товаром
Розница - это да. Тут автоматизация с помощью скареров даст плюсы
Решить твою задачу можно даже на типовой торговле, если заставить работать правильно экспидиторов и бухгалтеров. Главное в этом случае понять как для тебя будет выглядеть это "Правильно".