я пару раз сталкивался с таким, что винда напрочь отказывалась форматировать флешку (и распознавать) - а вот после формата под линуксом все отлично работало
может, есть там какая-то "защищенная зона", которую добрая вынь оставляет - кто знает? попробуй под никсами форматнуть - там точно все грохнется
