Кукисы хранятся в папке Documents and Settings\Имя_Пользователя\Cookies
Для их переноса надо сохранить эту папку. Но учти, что скорее всего они будут работать если именя пользователей (старого и нового) будут совпадать.
Настройки IE хранятся в реестре тут: HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer
И вообще
клею к теме по IE.