Вся проблема в несовместимости модели безопасности программ и висты. Поэтому:
1. можно попытаться установить "совместимость с WinXP" в программах для работы со сканером
2. настроить все программы для сканера в соответствии с рекомендациями настройки совместимости старых программ для работы на windows 2003 терминальном сервере,
здесь все очень хорошо разжевано
3. Можно запустить regmon и filemon, и отследить, куда в реестр и какие файлы использует софт принтера. Провести анализ полученного результата, и настроить "разрешающую" модель доступа к этим ресурсам.
Удачи!