Чисто технически, задача реализуема даже встроенными средствами Windows...
process.cmd
Код:
@echo off
for /f "tokens=" %%A in (file2.txt) do (
find "%%A" file1.txt
if ERRORLEVEL 1 echo %%A >>result.txt
)
Единственное ограничение (налагается командой echo): file2.txt не должен содержать пустых строк.
И, заметьте: если в нём самом есть дубли, не встречающиеся в file1.txt - они и в result.txt будут дублями...
P.S. А, нет, есть ещё стандартные ограничения виндовой консоли... На символы <>"& в том же file2.txt.