в общем насколько я понял ни один из запросов не подойдет - база просто виснет и все, решение нашлось корявым путем - и наверное по тому описанию, что было дано не очень легко на него было выйти.
Суть в том, что эти две таблицы реализуют древовидную структур, удалить нужно было элементы, которые "не в дереве" по какой-то (неважно какой) причине, собственно решение - выбрать все id дерева (посредством функции внешнего языка - используется php), а остальные удалить. По ходу на мускуле сделать это невозможно, т.к. нет поддержки рекурсивных функций/запросов, чтобы выбрать все дерево.
Но тем не менее - был бы очень рад еще каким-нибудь решениям, потому что как уже и сказал - это очень корявое...
