Ну есть стандартный, родной mysql-query-browser от MySQL он вполне себе не плох. В Федоре точно есть, пакет зовется mysql-gui-tools. Под RHEL (CentOS) я не мэйнтэйню его, честно говоря даже не пробовал собирать, можно попробовать если очень надо...
Можете попробовать также стандартный оригинальные САНовские РПМ-ки с оффсайта -
http://dev.mysql.com/downloads/gui-tools/5.0.html . Там имеются проблемки, но по идее работать должно.
Впрочем, ну не десктопную Вы выбрали ось, и уж особенно не для разработчика.
Из весьма продвинутых есть на Джаве
Squirell SQL Client, умеющий работать с большим количеством БД, не только MySQL, и совсем уж приятный продвинутый и удобный (тоже на джаве) -
Aqua Data Studio если Вы опенсурс разработчик или студент, то можно получить лицензию бесплатно. Также можно попробовать бесплатно в тчении 2х месяцев (1 + на 1 еще можно продлить). Скажу честно, не раз подумывал купить его для себя лично, но пока все жаба душит...