2SamuraiX
Пока (вроде) нашлось временное решение, не очень оригинальное, но вроде пока работает.
1. Для всех групп было отключено сканирование при старте системы и скан при получении обновлений. Правда пришлось добавить еще одно принудительное сканирование компьютеров по расписанию
2.Для отдельных компьютеров, которым 1 не помогло, пришлось создать дополнительную группу, в которой был принудительно выключен антивирус, таких компьютеров оказалось мало, но он уж сильно похож на вариант просто снести антивирус с компьютера.