Причин может быть великое множество.
Из простейших:
а) папка попала в "Корзину". Очистка корзины спасёт отца русской демократии.
б) то, что диск не системный отнюдь не означает, что на нём отключено т.н. "Восстановление системы". И если оно не отключено - файлы совершенно свободно могли оказаться в папке "System Volume Information". Отключение этой фичи и удаление соответствующей папки должно помочь.
в) сбой файловой системы. Самый сложный случай, по идее лечится "Проверкой диска на наличие ошибок", но не всегда. Единственный практически 100% надёжный способ "лечения" - скопировать куда-либо файлы, которых будет потом не хватать и отформатировать диск, после чего вернуть файлы на место. Если это не поможет - скорее всего виноват (и подлежит замене) сам диск...