вот тут можно посмотреть результаты поизводительности одной и той же карты при разной пропускной срособности pci-e:
http://www.techpowerup.com/reviews/N...press_Scaling/
в кратце - 1-2% разницы, так, что можешь спокойно использовать свой PCI-E Х16
а вот процессор может и не даст раскрытся новой карточки в полную силу, надо проверить.