На сколько мне известно различие между eSATA и SATA портами в немножко более высоком напряжении на eSATA для возможности использования более длинных кабелей.
Так же кабели eSATA должны быть более усточивые к изгибам, лучше экранированы и могут выдержать несколько тысяч подключений (механических).
Сама форма коннектора eSATA спроэктирована так, что бы избежать разряда статики при подключении кабеля.
Например:
(*)
(**)
(***)
Имея материнскую плату с разъёмами SATA и eSATA (**) (та же форма но обозначен красным и выводится на заднюю панель корпуса спец. планкой (*) ) и выставив в Bios использование AHCI, то можно можно подключать жёсткие диски на лету к любому порту обычным Sata кабелем.
Что бы отключить можно использовать утилиту "HotSwap!"
http://mt-naka.com/hotswap/index_enu.htm
Ещё можно использовать DevCon
http://support.microsoft.com/kb/311272
Она полезна, если вытаскивание устройства происходит через стандартный Safely Remove Hardware. Т.к. при повторном подключении диска нужно делать "Scan for hardware changes", а запуск DevCon без параметров именно это и выполняет.
Т.е. по сути дела это тот же порт, но его можно вывести наружу или он заранее распаян сзади вместе с usb и т.д
Диск в коробке с esata и с внешним питанеем втыкается в него и работает с довольно длинным кабелем esata-esata.
С тем же успехом можно вставить тот же диск прямо в обычный sata порт имея кабель sata-esata (***).
Если же нет надобности использовать внешний диск, или имеющийся имеет USB подключение, то вполне целесообразно не ставить планку esata, а использовать esata порт как обычный sata порт.