Если диск копируется целиком "1-в-1" (без изменения размеров и расположения разделов), а не отдельными partition'ами, то загрузчик тоже будет скопирован. И если после клонирования прицепить новый диск на место старого (разъём на матери) а старый отцепить и убрать - никакого шаманства с загрузчиком не потребуется, всё должно заработать. Если изменяется размер/положение линуксовых разделов относительно начала диска и/или разъём, к которому подцеплен винчестер - в любом случае потребуется соответствующая перенастройка загрузчика линукса, для чего, собственно, и нужен загрузочный носитель. Ну, и некоторые знания о загрузчике.
