какая-то ошибка памяти вполне могла породить кривизну в отгрузке реестра в момент последнего перед падением винды завершения работы.
вот по поводу "хранения всех яиц в одной корзине" (aka "реестр"), да, мелкомягких пинают весьма заслужено. чем более рассредоточено сохранение настроек по сферам/приложениям/итд тем оно более надёжно (правда, более медленно, но это вполне нормальная плата за надёжность). каждая сервис/утиль должна самостоятельно закрывать свою зону настроек, а не полагаться на память винды. а сама оболочка реестра должна быть не больше чем "оболочка общей сборки рассредоточенной базы", это да...