Странный вопрос, вообще-то.
У тебя в любом документе есть путь к файлам, ссылка тобишь.
Размещай как хочешь, лишь бы ты сам не запутался и ссылки соответствовали.
смысл такой:
<a href="link.html">"Это ссылка на документ в той же директории</a>
<a href="images/link.html">Это ссылка в папку внутри директории</a>
<a href="../link.html">Это ссылка в папку на уровень выше</a>
<a href="../../../../../link.html">Ссылка на документ пятью уровнями выше</a>
Для размещения скриптов cgi имеется отдельная директория, её тебе должен указать хостер. Обычно это /cgi-bin/.
Примерно так.