Всё довольно проще чем кажется =)
Putty прекрасный клиент для ssh.
Нужно выучить хотябы базовые команды используемые на *nix like системах.
Есть довольно много (если не сказать завал) материала по теме ..
например на opennet.ru
Основы:
ls - просмотреть содержимое каталога
ls -la - тоже самое, но покажет с атрибутами файлов.
cp, mv, rm - копировать, переименовать/переместить файл или папку.
cd перейти в папку, удалить папку
mkdir - создать папку
rm - удалить файл (можно использовать маски rm test*)
rm -rf удалить без подтверждения, включая подкаталоги
пока этого хватит.
Чтобы скопировать с удаленного хоста файл, для начала посмотри версию OS под управлением которого работает серв - uname -a
На BSD системах по умолчанию стоит fetch (fetch
http://host.com/file.zip)
На линукс обычно пользуют wget (wget
http://host.com/file.zip)
Вроде не всё так страшно =)