Я такое раньше у себя замечал (когда плагами не обзавелся
), но сейчас нету вроде этого глюка (как на w2k, так и на 98).
Как возможный вариант решения проблемы: ставим плагин StartupStatus.dll (берем здесь _http://miranda-im.org/download/details.php?action=viewfile&id=620)
И в его настройках указываем: '"Отключен" при выходе', вполне возможно, поможет.