если же сразу работать с мултиканальным вавом то это дожны делать Vegas и Cool Edit Pro.
или глянь проги вот из этого списка
http://www.sonicspot.com/multitrackers.html
там проги которые работают с мултитрэковыми вавами. с описанием (кликай на название)
или есть вариант (как я уже написал) просто изначально конвертить ас3 в несколько вавов (по каналу) и работать с ними по отдельности и потом собирать их вместе.