На самом деле размер памяти под переменные среды в линейке НТ ничем не ограничен. Разве только объёмом физической памяти или какими-либо специальными настройками (о которых я не знаю). В отличии от 9х. Поэтому проблема скорее всего как раз в "ярлыке батника" - по какой-то причине вместо lnk был создан pif файл, служащий для запуска ДОС-программ. Со всеми вытекающими ограничениями. А ещё с bat-файлами может быть ассоциирован command.com вместо cmd.exe. Попробуй переименовать батник или найти и удалить ярлык.
Для сомневающихся тестовый пакетный файл env_test.cmd:
Код:
@echo off
set n=0
:add_env
set /a n=n+1
echo %n%
set e%n%=12345678901234567890
if %n% LSS 10000 goto :add_env
set > env_test.log
exit
У меня размер env_test.log получился 280613 байт (при количестве переменных среды более 10000)!