Как-то для ускорения работы компа попробовал Diskeeper 8.0 на почти полностью забитом системном диске NTFS. И увы, ускорения работы не получил. Диск правда старенький, UDMA-33, хотя на таких и должно быть заметно ускорение. Другие не пробовал. Также где-то читал статью по этому поводу и запомнил интересный вывод: если вы хоть раз запустили дефрагментатор на NTFS, то вы попались
теперь нужно периодически его запускать, чтобы поддерживать скорость работы с файлами на том же уровне, что было до дефрагментации. На современных винчестерах и NTFS это так и есть, imho.