XLink
Багажник обшивать шумопоглатителем это конечно можно, но думаю ради блинов в задней полке не стоит... достаточно ее (полку) задемпфировать... Ну и как уже было сказано исключить доступ воздуха из багажника в салон. Я так понял машина - седан, там с этим особых проблем быть не должно.
По поводу конденсатора...
Может я чего не допонял, в общем скажу так: ток у нас от аккумулятора постоянный, если подключить конденсатор "по пути питающего" т.е. как я понял последовательно, то ток по такой цепи течь не будет.
В общем конденсатор нужно подключать к уселителю паралельно. Как можно ближе к усилителю, но там есть один нюанс с зарядкой.
Вот маленькая справка:
" Конденсатор (обычно емкостью в несколько тысяч микрофарад или больше) подключается в систему параллельно с усилителем и служит как дополнительный источник энергии, из которого усилитель может быстро получить энергию при необходимости (например, при воспроизведении низкого баса). Электротехническая теория заключается в том, что при попытке усилителя потребить большой ток не только аккумулятор "отзовется" слишком медленно, но также напряжение на усилителе будет несколько ниже напряжения на аккумуляторе (т.н. линейное падение). Конденсатор около усилителя,
заряженный до напряжения аккумулятора, будет стремиться стабилизировать уровень напряжения на усилителе, подавая в него ток. Также можно представить, что конденсатор, подключенный параллельно усилителю, выступает в роли низкочастотного фильтра (см. 3.10), а падение напряжения на усилителе выражается в АС составляющей, наложенной на DC. Конденсатор будет отфильтровывать AC составляющую, поддерживая постоянное напряжение на усилителе на необходимом уровне.
Общепринятая "формула" для определения емкости конденсатора - 1 фарад на киловатт. Например система, производящая 300 Вт, потребует конденсатор емкостью 0.3Ф (или 300,000 мкФ). При подключении нельзя просто подсоединить незаряженный конденсатор к положительному и отрицательному проводам около усилителя, т.к. он будет потреблять очень большой ток от аккумулятора и может сжечь предохранители или перезарядиться. Поэтому поставьте между конденсатором и положительным проводом небольшой резистор (25Ом, 1/2Вт),
или 12В лампочку, и дайте конденсатору зарядиться. Если вы подключите
лампочку последовательно с конденсатором, то ее погасание подскажет, что конденсатор зарядился. Аккуратно отключите конденсатор от зарядных проводов, ни в коем случае не замыкая их. После этого установите конденсатор на его постоянное место, подключив его параллельно с усилителем (опять же, не замкните провода!)."
цитировал отсюда:
http://www.caraudio.auto.ru/faq2.htm 
А вообще я уже давал ссылку, но повторюсь, очень полезный ресурс:
http://www.peps.ku.ru/bluesmobil/kurs.html