eclipse вероятно автоматически выставляет путь к .jar, где лежат стандартные библиотеки.
попробуй запустить java без параметров.
надо выставить параметр classpath
что-то вроде
java -cp C:\Program Files\Java\j2re1.4.2_04\lib\rt.jar TODO
ещё не помешает добавить в cp "." если классов больше одного.
естественно в указанном архиве должны лежать нужные тебе библиотеки, впрочем его ведь можно разархивировать и посмотреть
