НУ тогда флаг вывешивать после запуска проги.
	Код:
	#( Photoshop_Int_Assistant
AsLoggedUser
WatchProc: "Photoshop.exe"
Rule: PROC-EXIST: "PIAssistant.exe" NOT 
FILE-EXIST: "C:\Flags\PIAssistant.flg" NOT AND
Action:
FILE-CREATE: "C:\Flags\PIAssistant.flg"
PAUSE: 1000
StartIn: "C:\Program Files\Photoshop Interface Assistant" 
ShowNormal   NormalPriority
START-APP: C:\Program Files\Photoshop Interface Assistant\PIAssistant.exe
)#
 Пауза - время на создание файла.
Только не забывай его (флаг) удалять после окончания работы.