Довольно странный способ клонирования ОС.
Обычно для массового клонирования ОС применяется спец. софт (PowerQuest DriveImage, Norton Ghost, Acronis TrueImage), который позволяет копировать раздел целиком, вместе с boot-сектором, причём позволяет в процессе восстановления изменить размер раздела...
http://www.imho.ws/showthread.php?t=40335