MOP

Мой личный опыт показывает:
для разных по размерам проектов надо применять разные подходы.
я бы разделил примерно так...
проект страниц на 10 не больше (есть и такие, например порно сайт) - не стоит мудачиться со всякими шаблонами, пиши, лишь бы работало.

проект где-то до 50 страниц (например сайт знакомств или форум): можно использовать подход header-body-booter. тобишь общие части просто загнать в отдельный файл и вставлять его на каждой странице.
Коенчно, в этих двух случаях вы не увидете никакого разделения дизайна и кода, и это перекроет возможность кодеру прикрутить дизайн к программе самостоятельно, но даже если программист сам это сделает, выигрышь времени будет на лицо.
Использовать шаблоны я бы рекомендовал только в больших проектах (более 50 страниц). Еще один огромный плюс шаблонов: при условии удачного соглашении об именовании переменных, методов и классов и использовании ООП вместе с шаблонами, проект выполненный с использованием шаблонов дает преимущество в поддержке.