[Mg0]

Рискну предположить, что у тебя имеет место быть очень большое количество мелких файликов. При этом каждый из них занимает не менее кластера. Т.е. если там полезных данных -- 1 байт, а кластер у тебя -- 4 Кбайт, то занятыми считаются все 4 Кбайт.
При этом, когда ты считаешь сумму файлов в папках, складывается их содержимое, а когда определяешь свободное место, вычитается их "кластерная" сумма. Может, у тебя выключен режим отображения невидимых файлов. Тогда они в сумму по папкам не попадают, а в свободном пространстве учитываются. Это же может касаться файла подкачки. Кроме того, могут быть битые блоки. Они, ессно, в объем файлов не попадают, а из свободного места вычитаются.