а те которые физически - там без проблем. т.к. в их директории нету .htaccess с этими инструкциями.
проблема только в виртуальных. т.е. за одной директорией несколько поддоменов, пример:
www.site.ru
new.site.ru
old.site.ru
/docroot/site.ru/
p.s. не хотелось бы их просто убивать, т.к. на них ходит народ.