Migel M. Volos
Попробуй плагин второго уровня "переименование файлов" плагина "Search and replace" к FAR'у (
http://www.moris.ru/~spinoza). Он умеет работать с регулярными выражениями.
Но вот папки придётся создавать заранее, насколько я понимаю. Или писать скрипт, который сделает это, если умеешь...