Flexible renamer. Мощнейшая и бесплатная (!). Умеет работать со многими мультимедиа форматами и регулярными выражениями. Простое управление.
http://imho.ws/showthread.php?p=423705#post423705
Поиск таки рулит.
А директории умеет создавать Krename. Тока я не знаю, есть ли порт под Винду.