В общем по вопросам Sterling'а и меня:
Идем сюда и берем русский мануал по вебу - внимательно читаем стр. 85-92,
ТАМ ЕСТЬ ВСЕ ОТВЕТЫ.
Тепер в частностях (кому лень читать мануал):
Есть проприсаный в DM ключ /NI - запрет загрузки INI файла DrWeb'а - собствено все. После запуска веб пишет пустой инишник вместо штатного. Следующий запуск по дефолту.
Делаем так - пишем в конфиг DM следующие ключи:
/SHELL -
отключение проверки памяти и файлов системы (все просто летает)
/ST -
запуск GUI в режиме "стэлс" (вывод диалога, если результат не "0")
и
убираем /NI.
Все 
P.S. А вообще - есть консольный сканер, который и нужно юзать при вызове из любых третьих программ, т.к. сканер с GUI собран для несколько других задач.