А ты уверен, что она у тебя на C:?
Возможно я в ОС ламер, что в принципе и есть, но все же....
Загрузись с любого иного бутера с файл-менеджером и PM.
Посмотри через PM, как размечен твой хард. Вполне возможно, что у тебя либо актив один, а логический том другой, либо оба первичны.
И в том и в другом разе ОС после загрузки покажет тебе как С тот том, но котором файды ОС и находятся, а бут-сектор оказался на первом томе.
Сталкивался с подобным несколько раз.... при кривом инсталле винды, либо еще каком сбое.
Может в этом разе помочь сначала fixmbr, и если трабл пропадет, снова посмотреть, где каталог ОС лежит, а если не пропадет, то fixboot, и после перезагрузки через типа Acronis PE скопировать разделы сначала на дежурный носитель, а потом уже и на основной.
Естественно, критичную инфу сохраняем заранее
