Такие диски можно изготовить только для программ поддерживающих работу с CD.
Для большинства программ необходимы настройки хранящиеся в реестре (собственно это основная функция сетапа) и доступ на запись к некоторым файлам. Первое обходится использованием для хранения настроек файлов (например .ini) - но это должно быть заложено на этапе создания программы; второе - испольованием временных папок на жестком диске, но опять-таки это закладывается на этапе создания программы.