Все просто. HDDSpeed как один из вариантов.
Mhdd и НDD-911 как мой любимый вариант.
Советую начать с HDD-911. На сайте очень подробная дока, да и в комплекте тоже. При проведении теста поверхности накопителя программа показывает скорость чтения данных с винта. При выполнении теста CX - время позиционирования.
Советую работать с загрузочной дискетки. сли характеристики в пределах нормы - предполагаю как проблемы с драйверами\контроллером на матери, так и проблемы с кэшем винта и\или нестабильные секторы на оном в зоне размещения BR и ФС(файловаой системы), последнее будет видно при тесте поверхности.
Дерзай, пиши...