[telepate mode]Собственно, ни одного достоинства такого решения в production (т.е. при использовании веб-сервера по прямому назначению) в упор не вижу.
Малейшая ошибка разработчика при написании автокомпилируемого кода может привести не только к недоступности сайта на некоторое время, но и к повреждению данных.
Не говоря уж об упрощении "работы" по взлому такого сервера (т.е. снижении безопасности).[/telepate mode]
А без телепатии, собственно, и говорить не о чем...
Offtop:
Если речь идёт о разработке большого и серьёзного проекта, так там обычно вообще принято держать исходники в SVN и заново компилировать всё из исходников при каждом изменении в коде, с добавлением к бинарникам информации о версии и ЭЦП, а на production класть исключительно всесторонне протестированные и подписанные бинарники; по наличию ЭЦП сервер вполне может отслеживать аутентичность используемых бинарников и автоматически блокировать неподписанные...